MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis J/6276tet1

Total Repeats: 23781

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021892	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_021892	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021892	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021892	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021892	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021892	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021892	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021892	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021892	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021892	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021892	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021892	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021892	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021892	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_021892	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021892	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021892	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021892	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021892	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_021892	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021892	CCT	2	6	952	957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_021892	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021892	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021892	TGA	2	6	1139	1144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021892	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021892	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021892	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021892	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021892	A	6	6	1256	1261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021892	AAGG	2	8	1307	1314	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021892	ATG	2	6	1334	1339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527322503
32	NC_021892	GTG	2	6	1340	1345	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527322503
33	NC_021892	TCC	2	6	1349	1354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	527322503
34	NC_021892	AGC	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322503
35	NC_021892	T	6	6	1382	1387	0 %	100 %	0 %	0 %	527322503
36	NC_021892	AGC	2	6	1390	1395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322503
37	NC_021892	AAG	2	6	1401	1406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322503
38	NC_021892	TAC	2	6	1439	1444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322503
39	NC_021892	GCT	2	6	1449	1454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322503
40	NC_021892	AGTA	2	8	1487	1494	50 %	25 %	25 %	0 %	527322503
41	NC_021892	AAC	2	6	1547	1552	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527322503
42	NC_021892	AGA	2	6	1559	1564	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322503
43	NC_021892	T	6	6	1637	1642	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021892	TAA	2	6	1649	1654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021892	T	7	7	1659	1665	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021892	TC	3	6	1668	1673	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_021892	A	6	6	1731	1736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021892	AGA	2	6	1815	1820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322504
49	NC_021892	ATC	2	6	1822	1827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322504
50	NC_021892	TGC	2	6	1842	1847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322504
51	NC_021892	ATGA	2	8	1891	1898	50 %	25 %	25 %	0 %	527322504
52	NC_021892	GATA	2	8	1929	1936	50 %	25 %	25 %	0 %	527322504
53	NC_021892	CAT	2	6	1966	1971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322504
54	NC_021892	AGA	2	6	1995	2000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322504
55	NC_021892	AAG	2	6	2024	2029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322504
56	NC_021892	GGA	2	6	2059	2064	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527322504
57	NC_021892	AG	3	6	2151	2156	50 %	0 %	50 %	0 %	527322505
58	NC_021892	ATC	2	6	2188	2193	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322505
59	NC_021892	TTTC	2	8	2226	2233	0 %	75 %	0 %	25 %	527322505
60	NC_021892	ATA	2	6	2338	2343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527322505
61	NC_021892	AAC	2	6	2363	2368	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527322505
62	NC_021892	GGT	2	6	2417	2422	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527322505
63	NC_021892	AAT	2	6	2523	2528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527322505
64	NC_021892	TTC	2	6	2558	2563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322505
65	NC_021892	GCA	2	6	2577	2582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322505
66	NC_021892	GGA	2	6	2625	2630	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527322505
67	NC_021892	CAG	2	6	2644	2649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322505
68	NC_021892	GTT	2	6	2661	2666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527322505
69	NC_021892	GGT	2	6	2753	2758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527322505
70	NC_021892	GA	3	6	2819	2824	50 %	0 %	50 %	0 %	527322505
71	NC_021892	T	6	6	2826	2831	0 %	100 %	0 %	0 %	527322505
72	NC_021892	AAG	2	6	2911	2916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322505
73	NC_021892	ATT	2	6	2973	2978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527322505
74	NC_021892	TTG	2	6	3025	3030	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527322505
75	NC_021892	CATG	2	8	3107	3114	25 %	25 %	25 %	25 %	527322505
76	NC_021892	AAG	2	6	3136	3141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322505
77	NC_021892	AAG	2	6	3151	3156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322505
78	NC_021892	CAG	2	6	3193	3198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322505
79	NC_021892	GCT	2	6	3264	3269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322505
80	NC_021892	TGTGA	2	10	3279	3288	20 %	40 %	40 %	0 %	527322505
81	NC_021892	TTCC	2	8	3412	3419	0 %	50 %	0 %	50 %	527322505
82	NC_021892	AAG	2	6	3430	3435	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322505
83	NC_021892	CAG	2	6	3480	3485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322505
84	NC_021892	GGA	2	6	3567	3572	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527322505
85	NC_021892	AAT	2	6	3577	3582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527322505
86	NC_021892	TTGAA	2	10	3635	3644	40 %	40 %	20 %	0 %	527322506
87	NC_021892	ATT	2	6	3657	3662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527322506
88	NC_021892	TGA	2	6	3687	3692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527322506
89	NC_021892	TTTA	2	8	3810	3817	25 %	75 %	0 %	0 %	527322506
90	NC_021892	GTA	2	6	3919	3924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527322506
91	NC_021892	GAGAA	2	10	3929	3938	60 %	0 %	40 %	0 %	527322506
92	NC_021892	AGA	2	6	3966	3971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322506
93	NC_021892	ATCC	2	8	4110	4117	25 %	25 %	0 %	50 %	527322506
94	NC_021892	GAA	2	6	4150	4155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322506
95	NC_021892	CGT	2	6	4282	4287	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322506
96	NC_021892	A	7	7	4326	4332	100 %	0 %	0 %	0 %	527322506
97	NC_021892	GTT	2	6	4333	4338	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527322506
98	NC_021892	GAAAA	2	10	4366	4375	80 %	0 %	20 %	0 %	527322506
99	NC_021892	A	7	7	4372	4378	100 %	0 %	0 %	0 %	527322506
100	NC_021892	TGA	2	6	4470	4475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527322506
101	NC_021892	AT	3	6	4512	4517	50 %	50 %	0 %	0 %	527322506
102	NC_021892	TTACA	2	10	4521	4530	40 %	40 %	0 %	20 %	527322506
103	NC_021892	TTG	2	6	4565	4570	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527322506
104	NC_021892	TTC	2	6	4706	4711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322506
105	NC_021892	TCT	2	6	4798	4803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322506
106	NC_021892	AGA	2	6	4818	4823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322506
107	NC_021892	GTT	2	6	4845	4850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527322506
108	NC_021892	GACG	2	8	4857	4864	25 %	0 %	50 %	25 %	527322506
109	NC_021892	GGT	2	6	4893	4898	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527322506
110	NC_021892	AAAGCT	2	12	4939	4950	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527322506
111	NC_021892	TTGG	2	8	4960	4967	0 %	50 %	50 %	0 %	527322506
112	NC_021892	CTC	2	6	4997	5002	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	527322506
113	NC_021892	AGC	2	6	5028	5033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322506
114	NC_021892	GCA	2	6	5053	5058	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021892	A	6	6	5064	5069	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021892	AGA	2	6	5080	5085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021892	ATT	2	6	5147	5152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527322507
118	NC_021892	TCT	2	6	5165	5170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322507
119	NC_021892	GCT	2	6	5211	5216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322507
120	NC_021892	GTCTT	2	10	5217	5226	0 %	60 %	20 %	20 %	527322507
121	NC_021892	GAT	2	6	5246	5251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527322507
122	NC_021892	TC	3	6	5262	5267	0 %	50 %	0 %	50 %	527322507
123	NC_021892	GA	3	6	5273	5278	50 %	0 %	50 %	0 %	527322507
124	NC_021892	ACG	2	6	5284	5289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527322507
125	NC_021892	GAA	2	6	5308	5313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322507
126	NC_021892	TGGA	2	8	5321	5328	25 %	25 %	50 %	0 %	527322507
127	NC_021892	AT	3	6	5377	5382	50 %	50 %	0 %	0 %	527322507
128	NC_021892	AGA	3	9	5385	5393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322507
129	NC_021892	GCT	2	6	5394	5399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322507
130	NC_021892	AGA	2	6	5403	5408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322507
131	NC_021892	TGG	2	6	5439	5444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527322507
132	NC_021892	AGA	3	9	5457	5465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322507
133	NC_021892	GGA	2	6	5466	5471	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527322507
134	NC_021892	TG	3	6	5530	5535	0 %	50 %	50 %	0 %	527322507
135	NC_021892	T	6	6	5608	5613	0 %	100 %	0 %	0 %	527322507
136	NC_021892	TCA	2	6	5651	5656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322507
137	NC_021892	GGA	2	6	5688	5693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527322507
138	NC_021892	CTTT	2	8	5698	5705	0 %	75 %	0 %	25 %	527322507
139	NC_021892	CTT	2	6	5748	5753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322507
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146	NC_021892	CTT	2	6	6360	6365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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157	NC_021892	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_021892	ATG	2	6	7236	7241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_021892	AAAG	2	8	8705	8712	75 %	0 %	25 %	0 %	527322510
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255	NC_021892	TA	3	6	11246	11251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_021892	T	6	6	11297	11302	0 %	100 %	0 %	0 %	527322513
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259	NC_021892	AAT	2	6	11327	11332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527322513
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261	NC_021892	AGG	2	6	11570	11575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527322513
262	NC_021892	ATA	3	9	11580	11588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527322513
263	NC_021892	TAT	2	6	11599	11604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527322513
264	NC_021892	T	6	6	11604	11609	0 %	100 %	0 %	0 %	527322513
265	NC_021892	ACA	2	6	11610	11615	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527322513
266	NC_021892	AAGAA	2	10	11802	11811	80 %	0 %	20 %	0 %	527322513
267	NC_021892	A	6	6	11817	11822	100 %	0 %	0 %	0 %	527322513
268	NC_021892	TA	3	6	11867	11872	50 %	50 %	0 %	0 %	527322513
269	NC_021892	T	6	6	11876	11881	0 %	100 %	0 %	0 %	527322513
270	NC_021892	TAC	2	6	11903	11908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322513
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272	NC_021892	TTC	2	6	11948	11953	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322513
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401	NC_021892	TCT	2	6	18463	18468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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406	NC_021892	GA	3	6	18761	18766	50 %	0 %	50 %	0 %	527322519
407	NC_021892	ACT	2	6	18773	18778	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527322519
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411	NC_021892	T	6	6	18986	18991	0 %	100 %	0 %	0 %	527322519
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432	NC_021892	AAG	2	6	19835	19840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527322519
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434	NC_021892	T	6	6	19896	19901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
435	NC_021892	T	6	6	19903	19908	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_021892	TAA	2	6	19931	19936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527322520
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451	NC_021892	AG	3	6	20513	20518	50 %	0 %	50 %	0 %	527322521
452	NC_021892	A	6	6	20551	20556	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
453	NC_021892	CCT	2	6	20562	20567	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
454	NC_021892	GGA	2	6	20608	20613	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
455	NC_021892	AGA	3	9	20648	20656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
456	NC_021892	GA	3	6	20671	20676	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
457	NC_021892	TGG	2	6	20867	20872	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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459	NC_021892	AGC	2	6	20923	20928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
460	NC_021892	AGG	2	6	21012	21017	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
461	NC_021892	TGA	2	6	21124	21129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
462	NC_021892	AG	3	6	21188	21193	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
463	NC_021892	TCC	2	6	21241	21246	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
464	NC_021892	CT	3	6	21257	21262	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
465	NC_021892	CGCT	2	8	21265	21272	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
466	NC_021892	TTAA	2	8	21286	21293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
467	NC_021892	GTTA	2	8	21323	21330	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
468	NC_021892	GATC	2	8	21378	21385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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471	NC_021892	A	6	6	21508	21513	100 %	0 %	0 %	0 %	527322522
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473	NC_021892	TGT	2	6	21620	21625	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527322522
474	NC_021892	GATG	2	8	21641	21648	25 %	25 %	50 %	0 %	527322522
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478	NC_021892	CT	4	8	21914	21921	0 %	50 %	0 %	50 %	527322522
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481	NC_021892	TTTGC	2	10	22050	22059	0 %	60 %	20 %	20 %	527322522
482	NC_021892	TCT	2	6	22076	22081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527322522
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487	NC_021892	AT	3	6	22508	22513	50 %	50 %	0 %	0 %	527322522
488	NC_021892	CTG	2	6	22519	22524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527322522
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499	NC_021892	GGTT	2	8	23091	23098	0 %	50 %	50 %	0 %	527322522
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